《进击的巨人第二季》将紧接进击的巨人后面的剧情发展。第二季讲述的剧情是人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了三面巨大的防护墙来阻止了巨人的入侵，在这隔绝的环境里享受了一百年的和平。不过作为“和平”的代价，人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”，如同被圈养的畜牲一般安稳的生活着。主人公艾伦·

某晚景太正睡觉时，手上的妖怪手錶突然发出刺眼光芒，接着消失不见了！翌日超巨大猫型妖怪「巨大喵」出现，声称世界即将落入魔爪之中并向景太救助。为了找寻线索，景太与威斯帕及地缚喵前往嫲嫲位于毛马本村的家，遇上了神秘的「浮游喵」！他们跟着「浮游喵」一起进行时光旅行，回到了六十年前的世界进行大冒险。在那裡等待

在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。