尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

　　亚历克斯失败后过去了73年，人类也失去了半机械人的战争。从那时起，人类就被奴役了。科学家们已经开发出一种新的DNA毒株，这可能标志着Cyborgs的终结，并将其注射到志愿者身上。当生化机器人了解到这个女人和婴儿时，他们都要终止。为了逃跑，她带着一艘偷来的半机械人的船，在1980年回到了东非，在那