东京连续发生数起离奇命案，所有尸体上皆刻上“X”符号，而在场的嫌犯都不记得自己所为，这令警察们大为困惑。刑警高部（役所广司饰）断定有人利用催眠术行凶，一名在海岸徘徊的半失忆青年间宫（荻原圣人饰）成为怀疑重点，与该青年接触过的教师、警察和女医生都这样杀了人。

北宋年间，举人赵行德（佐藤浩市 饰）面对西夏的考题哑口无言，抱憾殿试。此后心灰意冷的行德决定远走塞外，前往令人充满遐想的西夏游历。旅行途中，行德所在商队遭到汉人组成的用兵部队的袭击，他被迫编入部队，并渐渐得到队长朱王礼的赏识和器重。在与回鹘人的作战中，他救下并藏匿了回鹘公主斯鲁比娅（中川安奈 饰）。

　　1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载